Есть четыре общеметодологические причины, ставящих под сомнение оправданность создания и использования ГМО и ГМ-продуктов в питании человека.
ГМ-организмы приобретают не только желаемые их создателями, но и непредсказуемые, неблагоприятные и опасные свойства и признаки. Это связано с тем, что геном высших растений и животных содержит десятки тысяч генов. Каждый ген взаимодействует со многими сотнями других генов. Встроенный, чужеродный ген, в процессе работы, привносит не только один признак или свойство (желательные для биоинженера), но своим присутствием изменяет много других признаков и свойств в организме. Спектр этих изменений заранее определить невозможно.
Продукты работы такого встроенного гена в чуждой для него генетической среде оказываются незнакомыми для внутриклеточных систем. Предполагать, что в результате изменений, обязательно вносимых чуждым геном в эволюционно отлаженный геном, не будут возникать токсичные, аллергенные, канцерогенные и мутагенные продукты (вещества) недопустимо с научной точки зрения.
1 % всех возникающих в результате искусственной трансформации генотипа соматических мутаций могут оказаться токсичными.
Не существует надежных методов определения последствий распространения ГМО и их продуктов для природы и человека. Многие негативные эффекты ГМО проявятся лишь в чреде поколений.
Для того, чтобы обнаружить все опасности ГМО, нужно изучить последствия выращивания/разведения ГМО во всех условиях, а также воздействие ГМ-продуктов на все группы живых организмов (животных, растений, грибов и простейших), проследить возможные генетические, тератологические, иммунологические и эндокринологические изменения во всех системах органов всех этнических и полово-возрастных группах людей. Ни теоретически, ни практически такие исследования провести невозможно.
Опасна технология создания ГМО. Чужой ген вставляется в цепочку ДНК хозяина с помощью бактерии-переносчика. При этом нельзя заранее определить в какой участок хромосомы попадет вставляемый ген. Кроме того, помимо целевых генов, в геном встраивается и технологический мусор в виде частиц бактерий (например, Ti-плазмиды агробактерий). Действия биотехнологов здесь напоминают действия алхимика - смешать, растереть, нагреть и посмотреть, что получилось. Однако в отличие от алхимика, который в худшем случае отравится или взорвется, генная инженерия создает монстров, которые могут изменить весь мир.
Невозможно контролировать распространение ГМО и их продуктов в природе. Пыльца ГМ-растений разносится насекомыми-опылителями на многие, а с ветром и водой - на сотни километров. Пыльца ГМ - рапса обнаружена на поле генетически чистого сорта на расстоянии до 5 км, а во взятке пчел - до 11 км.