Институционализированные трибуналы, созданные в XV и XVI веках для борьбы с ересями в Латинской христианской церкви, берут свое начало в концепциях римского права, существовавших до самого христианского мира.
В первые века нашей эры рядом с обвинительной системой Римского правосудия возникла инквизиция (лат. inquirere, что означает "проводить дознание") процедура, которая позволяет магистратам расследовать преступления в отсутствие предъявленных им официальных обвинений. Отныне функции сборщика доказательств, прокурора и судьи могут быть объединены в рамках отдельного магистрата. Одновременно с расширением этой новой практики как для гражданских, так и для уголовных расследований, применение пыток в качестве средства допроса и получения признательных показаний также расширилось-от расследования измены к другим преступлениям и от рабов к римским гражданам.
Этот инквизиционный процесс уже существовал, когда Римская империя обратилась в христианство в IV веке, и христианские императоры от Константина использовали его для подавления ереси. Хотя ересь и определялась в терминах религиозной веры, она в значительной степени рассматривалась как угроза социальному порядку латинского христианского мира. При необходимости епископы могут взять на себя роль светских магистратов в проведении инквизиций . Процедуры были кодифицированы и упорядочены с выпуском корпуса Iuris Civilis Юстиниана в 534 году. Они оставались нетронутыми даже в течение веков германских вторжений и господства, которые последовали за крахом Римской империи, хотя они редко использовались.
Ситуация начала меняться к концу XII века после того, как император Священной Римской Империи Фридрих Барбаросса и папа Александр III достигли соглашения, примиряющего их соответствующие полномочия в мирной Венеции. В 1184 году папа Луций III издал декрет Ad abolendam который некоторые называют "учредительным уставом инквизиции", поскольку он предписывал епископам принимать активное участие в выявлении и преследовании ереси в их юрисдикции. Явное отождествление ереси с изменой и ее преследование в соответствии с нормами римского права было официально оформлено в 1199 году Папой Иннокентием III. основание нищенствующих религиозных орденов, особенно доминиканцев, в первые десятилетия XIII века обеспечило готовый запас папских инквизиторов, которые могли быть отправлены в регионы, наиболее подверженные влиянию еретиков. Действия папы Григория IX в 1230-х годах и каноны, изданные Таррагонским собором в 1242 году, привели к централизации этих функций и даже прояснили, что ересь является преступлением, караемым смертью; тем не менее, было бы неправильно приравнивать эти действия средневековой церкви к институционализированной инквизиции, возникшей в конце XV века. Действительно, их цели состояли главным образом в том, чтобы предотвратить чрезмерное преследование еретиков отдельными епископами и обеспечить соблюдение процедур, которые должны были носить скорее кающийся, чем строго карательный характер. Со временем были собраны справочники по таким процедурам, например Директория инквизиции, составленная Николасом Эймериком, который возглавлял папскую инквизицию в восточных частях Испании с 1357 года.