Этот развод длился почти шесть лет. Генрих IV проявил великодушие к бывшей жене — она сохранила титул королевы Наварры, получила титул вдовствующей королевы Франции и герцогини де Валуа. Париж с трудом узнал свою бывшую любимицу. Маргарита располнела, ее пышные наряды вышли из моды и казались смешными, а чем старше она становилась, тем моложе были ее любовники. Непочтительные парижане в шутку называли отель Сенс, где она поселилась, королевским публичным домом. Зато отношения с бывшим мужем у нее наладились. Она с пониманием встретила его женитьбу на Марии Медичи и обожала его детей, особенно старшего сына Людовика, кому потом и завещала все свое состояние. Маргарита горько оплакивала смерть бывшего мужа, и умерла в 61 год от воспаления легких. Из-за нехватки средств ее похоронили только через год, тихо и скромно в Сен-Дени.
Последние годы жизни Маргарита провела при дворе своего бывшего мужа. Она окружила себя учеными и деятелями искусства, в компании которых проводила всё основное время. Даже в преклонном возрасте Маргариту окружали молодые поклонники, и она также продолжала участвовать в светских интригах и авантюрах. Король Генрих постоянно советовался с ней, как и его жена Мария Медичи. Маргарита умерла в возрасте 62 лет от воспаления лёгких. Она завещала всё своё состояние сыну Генриха, будущему Людовику XIII, которого любила как родного.
Мария Медичи и Людовик XIII