Сама структура ВИНК предполагает наличие головной компании и дочерних предприятий — компаний, занимающихся добычей, переработкой, сбытом, строительством и другой деятельностью.
У любой нефтяной компании есть два основных направления — разведка и транспортировка нефти (upstream), переработка и сбыт нефтепродуктов (downstream). За каждое направление отвечает одно или несколько подразделений компании, которые могут быть также отдельными дочерними предприятиями.
Отличительная особенность российских вертикально-интегрированных нефтяных компаний — высокая степень государственного участия. Это видно на примере работы отдела геологии и добычи.
Геология и добыча — самый крупный блок, на уровне которого ведутся геологоразведочные работы, бурение и заканчивание скважин, добыча и транспортировка нефти и другие работы. Здесь же подготавливаются отчёты для государственных органов.
В отделе по связям с общественностью информация об экологической обстановке, строительстве около населённых пунктов или непосредственно внутри них также передаётся в гос. органы для решения всех вопросов.
Каждый блок или отдел может быть как частью холдинга, так и отдельной дочерней компанией со своей структурой управления.
Каждое подразделение также имеет свою более детализированную структуру.