В настоящее время совершенно ничем! Зачастую и село и деревня выглядят совершенно одинаково. Бывает деревня даже обладает более внушительным видом, чем село. И административно деревня и село имеют одинаковые статусы. Тогда откуда различия? А различия были принципиальными в Имперское время. Грубо говоря, село было следующим этапом развития деревни. Село - это деревня с церковью. То есть, как только в деревне ставили церковь, сразу же деревня повышала свой статус до села. Казалось бы, какая разница? А разница большая. Село сразу же становилось "оком государевым": Но повторюсь, все эти особенности ушли в прошлое. А наименования остались. Надеюсь, одной тайной стало меньше.