Как видно на скриншоте выше, a houseboat - это a boat (по последнему слову определяем, какая часть слова основная), то есть это судно (корабль), в котором живут, как "в домике", в то время как а boathouse is a house, то есть навес-парковка ("домик") для лодок.
A houseboat is a boat which serves as a house, whereas a boathouse is a place (" a house") for boats. Просто, не так ли? )