Как и планировал Адольф Гитлер с июля 1940 года, 22 июня 1941-го года Третий рейх вторгается в Советский Союз - атака совершается без объявления войны и простирается вдоль фронта протяженностью в 2900 км.
21 июня Вермахт скрытно переправляет саперно-диверсионные группы через границу, где они работают всю ночь, охраняют мосты через ключевые водные пути и нейтрализуют пограничные укрепления. Задача этих групп – занять мосты на реке Буг и удерживать их до прихода подкреплений.
Около 01:00 Ставка уведомляет советские военные округа расположенных вдоль границы о «приведении всех сил в боевую готовность», но «избегать любых провокационных действий» (Директива НKO № 1). Однако не все воинские части получают приказ своевременно.
В 03:15 самолеты Люфтваффе начинают бомбить приграничные советские города, а также стратегически важные цели на севере и востоке страны. Среди них - военно-морские базы в Кронштадте и Севастополе.
Примерно в 03:15 Вермахт приводит в движение войска численностью в три миллиона человек, организованных в 140 дивизии. Для прокладки путей наступающим войскам начинается сильный артиллерийский обстрел советских пограничных укреплений.
17 танковых и 12 моторизованных дивизий сталкиваются с равными по количеству солдат и бронетехники войсками Красной армии. Однако в следствии неожиданности удара в первый день войны советские войска оказываются дезорганизованны, без связи, без артиллерийской и авиационной поддержки.
В начале войны Ковно окружали восемь фортов и девять орудийных батарей, построенных в начале восемнадцатого века для защиты города от немецкого вторжения. Девятый и седьмой форты были особенно важны для Ковно, поскольку они во время войны выполняли роль тюрем.
22 июня 1941-го года немецкая армия вторглась в Советский Союз и через два дня захватила Ковно. 25 июня 1941-го года бригадный генерал СС Вальтер Шталекер, командующий Einsatzgruppe A, вошел в Ковно, где происходит первый погром лиц еврейской национальности.