Едва смолкли выстрели в Хорватии, как война заполыхала в соседней Боснии и Герцеговине. Исторически сложилось, что Босния представляла собой котел, в котором перемешались представители разных народностей и вероисповеданий. 44 процента населения республики составляли босняки- мусульмане (южные славяне, принявшие ислам, и не считающие себя ни сербами, ни хорватами ), 32 процента - сербы и 24 процента - хорваты. Теперь эти три народа, не желавшие жить в одном государстве, сцепились между собой.
Сербские войска окружили Сараево, расположили на господствующей над городом высоте Игман батарею гаубиц и стали систематически обстреливать столицу Боснии. В соответствии с резолюцией № 743 Совета Безопасности, в феврале 1992 года в Боснию был направлен 14-тысячный контингент войск ООН (UN Protection Force - UNPROFOR). В следующем месяце в Боснии и Герцеговине прошел референдум, бойкотированный сербами. Остальное население большинством голосов проголосовало за независимость. 7 апреля 92-го года США и ЕС признали Боснию и Герцеговину как суверенное государство. В качестве ответной меры, Сербия и Черногория создали собственную федеративную Югославию.
Тем временем на улицах Сараево продолжались бои между мусульманами, с одной стороны, и объединенными силами боснийских сербов и федеральной армии с другой. К середине мая сербы заняли 2/3 территории Боснии. В республике друг с другом сражались 17 различных вооруженных формирований, среди которых самыми крупными были вооруженные силы Сербской Республики Боснии и Герцеговины, президентом которой стал Радован Караджич, федеральная армия, воевавшая на стороне боснийских сербов, боснийская Территориальная оборона , подчинявшаяся президенту Изегбеговичу, и хорватские подразделения, которыми командовал Совет Обороны Мате Бобана.
В конце мая войска Изегбеговича полностью блокировали федералов в Сараево, но сербы взяли в заложники 5 тысяч мусульман. 24 числа федеральная армия начала эвакуацию из города, а через три дня по инициативе российского министра иностранных дел Козырева стороны подписали соглашение о прекращении огня. Но, перемирие длилось всего три дня. 27 мая сербская батарея на горе Игман вновь открыла огонь, а ООН ввело эмбарго на торговлю с Югославской федерацией.
Ссербы и черногорцы оказались зажаты в тисках экономической блокады. К середине июля в Адриатическое море вошла флотилия ВМФ Западно-Европейского Союза и 16 кораблей Средиземноморского флота США. После этого на Лондонской конференции по бывшей Югославии, созванной лордом Каррингтоном 27 июля, было подписано очередное перемирие. Кроме того, в Лондоне был создан постоянный Координационный комитет конференции, сопредседателями которого были назначены представитель ООН Вэнс и представитель ЕС лордом Оуэн. Однако, через месяц боевые действия возобновились.
Сербы сбили итальянский военный самолет, облетавший их позиции, а 8 сентября в Сараево обстреляли конвой ООН, в перестрелке были убиты 2 французских офицера. Все коридоры в город, в том числе и аэропорт Бутмир, были блокированы сербскими войсками. После этого инцидента, 15 сентября Совет Безопасности в пять раз увеличил контингент войск ООН в Боснии и Герцеговине, «голубые каски» получили разрешение применять оружие. Немного позднее ООН запретило полеты военных самолетов над Боснией.
Войска президента Сербской Краины Караджича выселяли мусульман и хорватов из занятых ими деревень. 2 января 1993 года Изегбегович, Бобан и Караджич впервые сели за стол переговоров. Оуэн и Вэнс предложили им на обсуждения свой план урегулирования боснийского кризиса. Босния разделялась на 11 самостоятельных провинций со своим парламентом и автономной системой управления. Центральные органы власти, в которых были бы представлены сербы, хорваты и мусульмане, занимались бы в основном вопросами внешней политики. Однако, начавшееся 22 января хорватское наступление на Сербскую Краину в направлении города Задар, отпугнуло и без того колебавшегося Караджича. На референдуме в мае 93-го года боснийские сербы оказались поддержать мирный план Вэнса-Оуэна, хотя Белград его поддержал. Боевые действия в Боснии продолжались.