В свое время в семействе автомобилей ЗИЛ-114 предусматривался более дешевый и компактный седан ЗИЛ-117. Но с прекращением выпуска ЗИЛ-114 сняли с производства и седан ЗИЛ-117. Пока в эксплуатации находились относительно «свежие» машины ЗИЛ-117 (они использовались главным образом в кортежах, в качестве машин сопровождения и охраны), вопрос о создании нового седана не возникал. Но вскоре выяснилось, что заменить выработавшие свой ресурс легковые автомобили ЗИЛ-117 просто нечем.
В 1986 г. на Московском автомобильном заводе для заводских испытаний изготовили два опытных образца ЗИЛ-41041 с укороченным кузовом «седан» на основе лимузина ЗИЛ-4104. Агрегатная часть от него была полностью сохранена, включая 315-сильный двигатель ЗИЛ-4104. Лишь небольшой доработке подверглись системы смазки и охлаждения двигателя, система зажигания и тормозная система.
Интересно, что специально для седанов ЗИЛ-41041 на заводе разработали новое оформление передней и задней части машины (облицовка радиатора, передние и задние крылья, капот, передний и задний бамперы, фары, подфарники, задние фонари). Облик автомобиля получился настолько удачным, что эти стилистические решения тут же перекочевали на базовый лимузин. Обновленная версия в стиле ЗИЛ-41041 получила наименование ЗИЛ-41047.
В советский период седан ЗИЛ-41041 в серийное производство так и не был запущен, несмотря на то, что успешно прошел испытания. В годы перестройки неожиданно началась борьба с привилегиями, что коснулось и дорогих персональных автомобилей для чиновников различного ранга. Документацию на ЗИЛ-41041 просто «положили на полку» до лучших времен.
В 1990-х о седане вспомнили вновь, когда контрольный пакет акций ЗИЛ перешел в ведение московского правительства. Тогда у столичного мэра Ю.М. Лужкова родилась идея выпускать для чиновников Москвы свои собственные представительские автомобили. ЗИЛ-41041 на эту роль подходил как нельзя лучше — он был не таким большим, как правительственный лимузин ЗИЛ-41047, и очень удачно выглядел «рангом пониже».
В 1996-2000 гг. для правительства Москвы и частных заказчиков было изготовлено 26 седанов ЗИЛ-41041.