Город Питиунт на месте нынешней Пицунды был основан в ходе греческой колонизации. Во II в. н. э. римляне построили здесь крепость, обладавшую совершенными оборонительными сооружениями своего времени: стенами из булыжника и кирпича, башнями и сложными воротными системами, водопроводом, а в IV в. н. э. — древнехристианский храм-базилику, в котором служил епископ Стратофил, участвовавший во Вселенском Никейском соборе 325 года н. э. Пол храма был украшен богатейшей мозаикой. Копии орнаментов мозаики и памятники истории Пицунды представлены в Пицундском музее на территории храмового комплекса. В советское время многие культурные ценности Абхазии были безвозвратно вывезены в Грузию, поэтому оригиналы мозаики экспонируются в Тбилиси. В 541 г. н. э. в Пицунде находилась епископская кафедра, где происходило первое крещение абхазов.
С образованием Абхазского царства и обретением Абхазской церковью автокефалии в VIII в.н.э., храм становится престольным храмом Абхазии. В X в. н.э. на месте базилики был сооружен новый храм. И сейчас за зелеными остроконечными вершинами кипарисов белеют стены и купол Пицундского собора X в. — крупнейшего раннесредневекового крестово-купольного храма Абхазии, ставшего религиозным центром Абхазии и одним из лучших памятников средневекового зодчества.
Пицундский храм полон воздуха и света, он торжественный и величественный, здесь частично сохранились фрески XIII в., надписи и фрески XVI в. В храме великолепная акустика. В 1975 году в нем был установлен орган, созданный Потсдамской органной фирмой «Александр Шуке».
Вопрос о переносе из здания собора органа, установленного в 1975 году немецкими мастерами, был поднят в 2009 году. 29 июля 2014 года и. о. президента Абхазии Валерий Бганба подписал распоряжение, в котором поручил министерству культуры совместно с госуправлением по охране истории культурного наследия изыскать возможность переноса органа из Пицундского собора в другое место.
