Слово подушка является исконным в русском языке. В народной этимологии можно нередко услышать, что подушка - это то, что кладут "под ушко". Попытки усматривать такую внутреннюю форму этого слова предпринимали и некоторые профессиональные этимологи, однако большинство считают, что никакого "ушка" тут нет в помине.
В других славянских языках есть аналоги нашего слова подушка: украинское подушка, белорусское падушка, чешское роduškа, словацкое роduškа, польское poduszka. Для этих слов на праславянском уровне реконструируется слово *podušьka, которое является уменьшительной формой от * poduxa; ср. украинское подуха, старочешское poducha. Данное слово состоит из префикса *po- и существительного *duxъ "дух". Суффиксальным способом образовано родственное ему слово *duxъna "пуховик; перина", откуда сербохорватское дуња, чешское duchna, польское duchna. Иными словами, слово подушка можно было бы интерпретировать как "надутая".
Аналогий в других языках немного, но они есть. Так, датское pude "подушка" и норвежское pute "подушка" имеют внутреннюю форму "вздутое" на прагерманском уровне. Персидское بالش (bâleš) "подушка" связано с праиндоевропейским *bʰelǵʰ- "вздувать", от *bʰel- "дуть".
С другой стороны, существует один пример с "ушной" семантикой - французское oreiller (от oreille "ухо"). Пример, надо сказать, почти единичный. Гораздо чаще подушку связывают с чем-то "подголовным": ср. греческое προσκέφαλο, словенское vzglavnik, валлийское gobennydd, китайское 枕頭/枕头 (zhěntou)... И иногда "подщёчным" как в случае с арабским مخدة (miḵadda).