10 ноября 1959 год вступило в строй двухэтажное здание аэровокзала, построенное в 1957—1959 гг. по типовому проекту.
После ввода в эксплуатацию в 1969 г. нового здания аэровокзала оно стало обслуживать местные линии.
7 мая 1988 перед ним установлен памятник командиру 46-го гвардейского Таманского женского авиаполка Е. Д. Бершанской.
После реконструкции 2012—2018 - «Международный аэропорт Краснодар имени Екатерины II», аэровокзал международных авиалиний (терминал 2).
В 2015 году завершена реконструкция привокзальной площади аэропорта. В ее ходе здания терминалов были окрашены в благородный серый цвет. На фасадах установлены вывески с названием аэропорта и обозначением терминалов: «Терминал 1» - для внутренних авиалиний, «Terminal 2» - для международных авиалиний и «Терминал 3» - для VIP-терминала. Также на вывесках появилось историческое название аэропорта «Пашковский».
