Чуфут-Кале возник предположительно в V—VI веках как укреплённое поселение на границе византийских владений. Вероятно, что в ту эпоху он носил название Фуллы. Город с таким названием встречается в различных источниках, но историки однозначно не могут определить, какое из известных ныне городищ ему соответствует. Население города в этот период состояло в основном из алан.
В эпоху господства в Крыму кыпчаков город перешёл под их контроль и получил название Кырк-Ер.
В 1299 году Кырк-Ер был взят штурмом и ограблен ордынской армией эмира Ногая. В XIII—XIV веках город был центром небольшого княжества, находившегося в вассальной зависимости от правителей Крымского Юрта Золотой Орды. Начиная с XIV века в городе стали селиться караимы и к моменту образования Крымского ханства они, скорее всего, составляли уже большую часть населения города. Способствовали этому ограничения на их проживания в других городах крымского ханства.
Кырк-Ер был резиденцией первого хана независимого Крыма Хаджи I Герая. Менгли I Герай основал новый город на месте нынешнего бахчисарайского предместья Салачик и ханская столица была перенесена туда. В крепости остаются жить лишь караимы и небольшое количество крымчаков. В XVII веке топоним «Кырк-Ер» сменяется на «Чуфут-Кале» (в переводе «иудейская/еврейская крепость» с негативным, презрительным смысловым оттенком). Во времена Крымского ханства крепость была местом содержания высокопоставленных военнопленных, там же располагался и государственный монетный двор.
После вхождения Крыма в состав Российской империи ограничения на проживание караимов и крымчаков были отменены, и они стали покидать крепость и переселяться в другие крымские города. К концу XIX века Чуфут-Кале был полностью покинут жителями. В крепости осталась жить лишь семья смотрителя.
В настоящее время большая часть Чуфут-Кале находится в руинах. В западной, самой древней его части сохранились многочисленные вырубленные в пещерах хозяйственные помещения, руины мечети и мавзолей дочери золотоордынского хана Тохтамыша Джаныке-ханым 1437 года постройки. Также хорошо сохранились две кенассы (караимских храма) и одна жилая усадьба, состоящая из двух домов. Кенассы сейчас реставрируются караимской общиной, а в жилой усадьбе расположена экспозиция, рассказывающая о культуре караимов. В восточной части города находилось множество жилых домов, а также не сохранившийся до наших дней монетный двор, где чеканились крымские монеты. В одной из усадеб, постройки XVIII века, жил до конца своих дней известный караимский ученый Авраам Самуилович Фиркович (1786—1874).Чуфут-Кале
