Как оказалось, даже для последних версий Unity, есть проблема программно выставить нужные параметры в Xcode проекте :( А это необходимость, иначе никакой CI\CD не работает и придётся билдить iOS версию вручную, что конечно не очень правильно.
Для этих целей в Unity есть специальный PostProcessBuildAttribute и PBXProject. После билда в Xcode проект, можно настраивать уже другие параметры,