Восстание Разина, закончившееся его поражением, было поражением и для донского казачества. Правительство Московского государства привело в 1671 году к присяге донское казачество на верность царю Алексею Михайловичу, что означало отказ казаков от ведения самостоятельной внешней политики.
Присяга донских казаков через два с половиной месяца после казни С.Разина прошла на Дону не просто. Из расспросных речей в Москве полковника Г. Косагова и дьяка А. Богданова известно, что «казаки молодшие люди» отказывались присягать и говорили, что они «служить ради верно и без крестного целованья». Чтобы заставить казаков присягать, пришлось собирать три круга. И только «на третьем кругу приговорили … великому государю обещание учинить пред светлым Евангелием всем войском, а если кто из них к тому обещанью не пойдет, и того по войсковому праву казнить смертью, а животы их грабить» - Крестьянская война под предводительством Степана Разина. М., 1962. Т. 3.
В 1676 году Войско Донское присягнуло на верность новому московскому царю Федору Алексеевичу.
Донские казаки начали привыкать к новым отношениям с Московским государством, но все испортили донские старообрядцы.
По всем "запольным рекам" донской земли раскинулись многочисленные поселки донских старообрядцев. Особенно их много было на Медведице - около 2000 человек, которые жили также как и казаки куренями. Здесь их возглавлял расстрига из Соловецкого монастыря Кузьма Ларионов Косой.
Много раскольников было в Черкасске, где войсковым старшиной в 1686 году стал раскольник Самойло Лаврентьев.
Черкасские казаки-раскольники в июле 1687 года объединились с медведковскими и стали совместным лагерем под Черкассами. Но из-за трений между войсковым старшиной и вождем медведковцев Косым союза не получилось. Косой был арестован.
Московское правительство требовало его выдачи. Но донские казаки отказались. Тогда в начале 1688 года московиты потребовали выдать уже войскового старшину. Это позволило сторонникам Москвы среди казаков арестовать Лаврентьева.
10 мая 1688 г. в Москве были казнены предводители донского старообрядчества – К. Чюрносов, С. Лаврентьев, П. Чекунов и Л. Белогородец, а также поп Самойло и раскольник Пронка. Другие донские раскольники, выданные в Москву, были сосланы в разные сибирские города - монография Н.Мининкова "Укрепление московской власти на Дону в последней четверти XVII века"
На курени раскольников был наслан карательный казачий отряд, который 5 апреля 1689 года взял крупнейший городок старообрядцев Заполянский на Медведице.
После разгрома старообрядцев донские казаки обязались выдавать с Дону "пущих завотчиков и начинателей ко всякому злу". Донская вольница заканчивалась.
Но не закончилась самостоятельность Дона. Что и было доказано во время восстания донского атамана Кондратия Булавина в 1707 году.
