Основной проблемой Биткоина считается низкая пропускная способность сети. Блок с транзакциями занимает примерно 1 мегабайт и генерируется раз в 10 минут, то есть при средних размерах транзакций получается около 7 транзакций в секунду. Для сравнения максимальная пропускная способность Visa до 24 000 транзакций в секунду.
Некоторую путаницу вносит то, что термин Биткоин применяется для названия проекта и протокола, расчетной единицы (правильно со строчной буквы - биткоин) и программы кошелька (Bitcoin Core). Расчетные единицы криптовалют также принято называть монетами. Для монет в сети Биткоина используют сокращение BTC, однако на биржах можно встретить и код XBT, что не добавляет определенности.
Никакие организации, в том числе государственные, не несут ответственности и не могут помочь в случае утери или кражи биткоинов.
При приеме биткоина в качестве оплаты, принимающей стороне необходимо дождаться нескольких подтверждений транзакции в сети для защиты от атак двойного расходования (double spend). Это занимает от нескольких минут до нескольких часов, в случае высокой загруженности сети были случаи задержек до нескольких суток. Подобные задержки при получении оплаты недопустимы для многих типов бизнеса.
К минусам часто относят возможность уклонения от уплаты налогов, спонсирования терроризма, наркоторговлю и угрозу отмывания денег, полученных преступным путем. Однако по всем официальным отчетам объем подобных операций в биткоинах несоизмеримо ниже, чем в традиционных валютах.