Обязательства по доплате за «лишние» квадратные метры обычно указываются в договоре долевого участия — застройщики сами включают такой пункт в ДДУ. Про его наличие и условия лучше уточнять еще на момент заключения договора.
Чаще всего в ДДУ прописывается, при каком расхождении проектной и фактической площади будет производиться перерасчет — например, на 0,2-0,5 кв. м.