Кофе со своим мужским родом несколько выбивается из ряда несклоняемых неодушевленных существительных, которые почти все - среднего рода: кашне, какао, радио, боа. Хотя разговорный вариант кофе в среднем роде (хорошее кофе) зафиксирован уже в словаре Д.Н. Ушакова (1-ый том, 1935 год).
Кроме того, как указано в "Русской корпусной грамматике",
"в современном языке под влиянием кофе мужской род получили и новые заимствования, означающие сорта этого напитка (капуччино, эспрессо); слово мокко имело также устаревший вариант мокка (колеблющийся по роду и склоняемости)".
(См. раздел "Род", написанный Д.В. Сичинавой).
Вместе с тем, например, виски, бренди или пенальти, согласно современным словарям русского языка, можно употреблять как в мужском роде, так и в среднем.
Еще лет 150-200 назад к мужскому роду относились такие слова, как какао, пальто и некоторые другие.
О пальто мы уже говорили:
Почему Бродский "покрывал чёрной толью гумна"
Академик В.В. Виноградов в знаменитой книге "Русский язык. Грамматическое учение о слове" приводил следующие примеры.
"Боа пушистый; но ты, бордо, подобен другу" (А.С. Пушкин).
"Мой какао, серый пальто, прелестный пианино" (И.С. Тургенев).
Все подобные перемещения происходят не по прихоти кодификаторов-лексикографов. Закон аналогии в языке очень силен: уж очень похожи существительные типа пальто на своих собратьев второго склонения (по школьной классификации: село, кольцо). Так и перемещаются они со временем в "свалочный класс" среднего рода.
См. также: Как отличить качественные прилагательные от относительных: 12 признаков
Алексей Сидоренко