Музей Авейру был основан в 1911 году и находится в старинном здании бывшего доминиканского монастыря Иисуса. Монастырь был построен в 1458 году. Фасад здания, который мы видим сегодня, датируется XVIII веком. У здания три входа с красивыми фронтонами, а центральный фронтон здания украшает королевский герб. Рядом с входом стоит памятник Святой Жуане (Иоанне).
Атриум бывшего монастыря теперь используется как вестибюль музея. Сохранился дом капитула, где проводились собрания, и церковь, которая датируется XV веком, с колоннами в стиле Ренессанс, а также несколько капелл в стиле мануэлино, декорированных плиткой «азулезуш». Интерьер главной капеллы церкви украшают работы из дерева с позолотой XVI века. Стены украшены плиткой «азулезуш», на которой изображены сцены из жизни Святой Жуаны, также висят картины, на которых изображена эта святая.
В нижней капелле, где служилась литургия, стоит гробница, в которой покоится прах принцессы Жуаны, дочери короля Афонсу V. Гробницу начали строить по приказу короля Педро II, но прах принцессы туда перенесли только в 1711 году. Гробница украшена разноцветной мозаикой, сделанной из итальянского мрамора. Каждая сторона гробницы украшена панно с изображением сцен из жизни принцессы, потолок капеллы выполнен в стиле барокко. Над дизайном гробницы работал королевский архитектор Мануэль Антунеш.
Принцесса Жуана приняла монашеский постриг в 1472г. и жила в этом монастыре вплоть до своей смерти в 1489 году. Она славилась своей добродетелью, и, согласно легенде, с ней были связаны некоторые чудеса. В 1673 ее причислили к лику святых как Святую Жуану.
Музей хранит богатую коллекцию картин, скульптур, изразцов, мебели, керамических изделий эпохи барокко.
