Площадь озера 260 км², в том числе около 38 км² приходится на острова (их на Селигере более 160). Крупнейший — Хачин.
Площадь всего бассейна — 2275 км².
Селигер принимает 110 притоков (наиболее крупные — реки Крапивенка, Сорога и Серемуха (Черёмуха)), а из него вытекает лишь одна река Селижаровка. Озеро лежит на высоте 205 метров над уровнем моря и имеет ледниковое происхождение. Этим объясняется его своеобразная форма — это не озеро в привычном понятии, а скорее цепочка озёр, протянувшихся с севера на юг на 100 км и связанных между собой короткими узкими протоками. Береговая линия протяжённостью более 500 км отличается изрезанностью — поросшие лесом мысы, глубокие вдавшиеся в сушу живописные заливы, разнообразные по форме острова.
На Селигере насчитывается 24 плёса, самые большие — Полновский, Осташковский, Кравотынский, Селижаровский, Троицкий, Сосницкий, Нижнекотицкий и Березовский. Отдельные части озера носят самостоятельные названия: озёра Вясцо, Величко, Серемо, Глубокое, Долгое, Святое, Сватица и другие.
Вода в Селигере очень прозрачная, прозрачность достигает 5 метров.
На берегу южной части озера Селигер расположены город Осташков и усадьба «Новые Ельцы».
Селигер — судоходное озеро. Пассажирские перевозки осуществляются судами типа «Москва» (имеется 4 судна, с собственными именами: «Алексей Родин», «Капитан Хоробрых», «Капитан Марков»,"Байконур"), «Москвич», ОМ, а также судами других типов. В Осташкове есть речной вокзал, на многих островах имеются пристани. На озере действуют паромные переправы.
В настоящее время на Селигере существует один маршрут регулярного водного пассажирского сообщения: Осташков — остров Городомля (в зимний период теплоходы идут по сокращённому пути). Количество рейсов составляет 8—9 в день.
На озере, на острове Столобный, расположен монастырь Нилова Пустынь, основанный в честь Нила Столобенского.
Селигер — популярное место автомобильного, водного,железнодорожного, а так же велосипедного туризма. Имеются многочисленные базы отдыха.
На озере, на острове Столобный, расположен монастырь Нилова Пустынь, основанный в честь Нила Столобенского.
