Расположен заповедник в западных предгорьях Южного Урала, в Бурзянском районе. Название происходит от башкирских слов «шульган» - опустился, провалился, исчез и «таш» - камень. Заповедник был создан в 1958 году как Прибельский филиал Башкирского заповедника, а 16 января 1986 года стал самостоятельным заповедником.
Почти сразу после входа на территорию заповедника, по правую руку находится небольшая скала. С определенного ракурса в ней можно разглядеть мамонта.
Далее, вглубь заповедника уводит грунтовая дорога.
Заповедник был создан в 1958 году как Прибельский филиал Башкирского заповедника, а 16 января 1986 года стал самостоятельным заповедником. Основанием для организации заповедника было обитание в этом регионе ядра чистокровной аборигенной популяции медоносной пчелы — бурзянской бортевой пчелы или «бурзянки» в условиях бортничества, башкирского народного промысла. Филиал оказался первой в мире зоной, охраняющей аборигенных диких пчёл. В заповеднике в условиях искусственных дупел: бортей и колод обитает 138 семей пчёл, на пасеках 242 семьи.
По дороге к Каповой пещере попадается полянка, на которой расположены старинные колоды, в которых жили пчелы и вполне современные ульи. Конечно же они все пустые, действующая пасека находится в другом месте.
Чтобы туристы не заблудились, на тропинках есть указатели.
Встречаются: рыбы 30 видов, земноводные 5, пресмыкающиеся 6, птицы 206, млекопитающие 61 вид. Беспозвоночных выявлено около 1700 видов, из них бабочек 378, жуков 458. В Красную книгу РФ занесён 31 вид животных, в Красную книгу Башкортостана — 67 видов. Здесь обитают все типичные лесные виды средней полосы России. Необычно велика плотность обитания бурого медведя. Разнообразна фауна птиц. Есть проблемы: в регионе идёт вытеснение европейской норки американской. Ввиду потепления климата, строительства Юмагузинского водохранилища на реке Белой, все более ухудшаются условия обитания реофильных рыб: тайменя, форели, хариуса.
Богатая ландшафтная мозаика обуславливает и высокое разнообразие растительного мира. На начало 2009 года выявлено 816 видов высших сосудистых растений, 184 мхов, 233 лишайников, 117 видов грибов, 202 вида водорослей и цианобактерий. 14 видов растений относятся к Красной книге России, 57 — Башкортостана. Реликтовых и эндемичных видов около 10 процентов от всей флоры. Наиболее редкие растительные сообщества: реликтовые ельники и горные каменистые степи. На территории граничат восточноевропейские широколиственные, светлохвойные предлесостепные и темнохвойные южнотаёжные леса.
Название заповедника упоминается во многих мифах и легендах башкир — например, в эпосе башкирского народа Урал-Батыр.
На территории заповедника находится уникальная карстовая Капова пещера, или Шульган-Таш. Протяжённость всех ходов пещеры составляет более 2,9 км. Пещера имеет три яруса, внутри пещеры протекает речка Подземный Шульган, которая образовала эту пещеру. В 2019 году учёными был открыт четвертый этаж с большим количеством сталактитов, возраст которых превышает 100 000 лет. Одно из крупных минеральных образований возвышается над полом пещеры на 3 метра, а в ширину составляет 8 м.
В 1959 году зоолог заповедника А. В. Рюмин открыл в Каповой пещере наскальные рисунки эпохи палеолита. Рисунки выполнены в основном охрой, природным пигментом на основе животного жира. Возраст их около 18 тыс. лет. Изображены мамонты, лошади и другие животные, сложные знаки, антропоморфные фигуры. Есть редкие изображения углём.
Вход в пещеру находится на южном склоне горы Сарыкускан и представляет собой огромную арку около 30 метров в высоту.
Слева от входа в пещеру расположено озеро, из которого вытекает речка Шульган. Озеро имеет диаметр около 3 м и глубину 85 м (фактически, это не озеро, а вертикальный участок русла реки). Вода в озере непригодна для питья из-за примесей, но используется для лечебных ванн. Вода в этом озере ярко-синего цвета и с разрешения администрации в нем можно заняться дайвингом.
Капова пещера известна благодаря наскальным рисункам первобытного человека периода палеолита, датируемых периодом от позднего солютре до среднего мадлена.
Через заповедник протекает река Агидель (она же Белая) с живописными берегами.
В заповеднике можно остаться на ночлег, снять домик на турбазе или разбить палатку на специальной поляне.
А если не полениться и встать немного до восхода солнца, то можно увидеть синий туман над рекой.
В общем, заповедник Шульган-Таш обязателен к посещению.
