Поставщик, применяющий УСН, обязан перечислять НДС с реализации, только в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделенной суммой налога. Если такого счета-фактуры нет, то и обязанности по уплате налога тоже нет.
Источник: Письмо Минфина от 15.02.2018 № 03-07-14/9470
Это правило действует, в том числе, в случае, когда в договоре на поставку стоимость реализуемых товаров (работ, услуг) указана с пометкой «с НДС» и покупатель, перечисляя деньги за товары, выделил в платежном поручении сумму налога.
Обратите внимание, что если счет-фактуру с выделенной суммой НДС упрощенец все-таки выставил (хотя не должен был), это еще не значит, что он приобретает статус полноправного плательщика НДС. Т.е. заплатить налог и сдать декларацию он обязан, а вот уменьшать начисленный НДС на вычеты упрощенец не вправе (Письмо Минфина от 11.01.2018 № 3-07-14/328 ). Кстати, уменьшить УСН-базу на сумму такого «добровольного» НДС нельзя (Письмо Минфина от 09.11.2016 № 03-11-11/65552 )