Первоначальное изпользование микроскопа было связано с несколькими проблемами, особенно с кустарным изготовлением и неточной шлифовкой линз. До тех пор, пока Эрнст Карл Аббе (1840-1906), работавший в мастерской Карла Цейса, не разработал методы расчёта и способы конструирования линз в 1870-х годах, не было никаких научных средств производства и оценки линз. Таким образом, шлифовка линз часто была методом проб и ошибок. До начала 19-го века, линзами часто создавались размытые области или цветные ореолов вокруг разсматриваемых образцов. Первые микрофотографии не делались вплоть до начала 19-го века, поэтому первые учёные, работавшие с микрообъектами, должны были вручную рисовать то, что они видели через микроскопы. Проблем, с которыми сталкивались первые микроскописты, было так много, что титульная статья в журнале, Parergon, даже начинается словами: “Ущербные инструменты неблагонадежных наблюдателей”! Одна из самых знаменитых книг ранней микроскопии - "Микрография, или, Некот