В 1403 году Тамерлан затеял масштабное строительство в южной части Самарканда. Он выбрал ансамбль, сооруженный на этом месте его внуком Мухаммед-Султаном, и перестроил его на свой вкус.
Среди основных строений здесь были медресе, несколько минаретов и ханака - общественный и религиозный центр исламского просвещения, задуманный как нечто среднее между монастырем и странноприимным домом. В ханаках останавливались дервиши, студенты, путешественники, а порой даже и сами правители. В Самаркандской ханаке, например, проживал царевич Мухаммед. Но там можно было не только жить и получать новейшие знания своего времени, а еще общаться с единомышленниками, устраивать собрания и диспуты. Однако грандиозная задумка Тамерлана не была закончена.
Во время военного похода умирает 27-летний Мухаммед-Султан, Тамерлан распоряжается похоронить любимого внука в Самарканде, возле его резиденции. Так Гур-Эмир становится мавзолеем. В дворцовом комплексе появилось богато украшенное мрамором, золотом и глазурью восьмигранное однокупольное здание. Именно оно стало главным шедевром комплекса - причем не внутреннее убранство и лепка, а сам купол с 64 гранями, выложенный бирюзовыми и белыми плитами.
Через несколько лет после смерти Мухаммед-Султана в Отраре от воспаления легких умер Тамерлан. Хотя еще при жизни ему был приготовлен мавзолей в его родном Шахрисабзе, правителя похоронили в новой усыпальнице - возле его внука. Так Гур-Эмир стал фамильной усыпальницей Тимуридов.