Иван Малиновский не должен был учиться в Царскосельском Лицее. Согласно правилам, в Лицей принимали мальчиков от 11 до 14 лет, а Малиновскому в 1811 году исполнилось уже 15. Вересаев в своей знаменитой книге «Пушкин в жизни» пишет, что Иван Васильевич Малиновский родился в 1795 году, большинство источников указывают 1796 год. Но как бы там ни было к моменту поступления в Лицей, мальчику было 15. Его отец – Василий Федорович Малиновский, назначенный директором Царскосельского Лицея, обратился к министру, графу Разумовскому и с его разрешения, в лицейских книгах Ивана записали родившимся в 1798, то есть 13-ти летним.
Имя Ивана Васильевича Малиновского часто встречается в литературе, посвященной лицейским годам Александра Пушкина. Сын первого директора Царскосельского Лицея отличался буйным нравом и склонность к шалостям, как говорили в те времена, по нашему - к хулиганским проделкам. За буйство, вспыльчивость и драчливость он получил от товарищей прозвище Казак.
Запись от 31 марта 1813 г.:
«Господа Малиновский, Пущин, Илличевский во время прогулки в саду поссорились с Пушкиным и под видом шутки толкали его и били по спине прутом. Сей их поступок доведён был до сведения директора, который, сделавши им строгое увещание, приказал оставить без ужина»
С возрастом характер Малиновского не сильно изменился, Вересаев приводит о о нем такую историю:
Уже двадцатидвухлетним парнем, незадолго до выпуска из лицея, он, поссорившись за обедом с Кюхельбекером, вылил ему на голову тарелку супу, после чего Кюхельбекер побежал топиться, но его вытащили.
По воспоминаниям многих, Малиновский был одним из ближайших друзей Пушкина в Лицее. Многие исследователи считают эту дружбу поверхностной, основанной только на любви к проделкам и шалостям, но вот воспоминания другого лицеиста и секунданта Пушкина на последней дуэли о последних часах жизни Александра Сергеевича:
«глубоко вздохнув, (Пушкин) сказал: "Как жаль, что нет здесь ни Пущина, ни Малиновского, мне бы легче было умирать"».
Первоначальное образование получил в Санкт-Петербургской губернской гимназии в первом уездном классе, где обучался, при примерном поведении, с прилежанием и успехом: Российской грамматике, арифметике, началам всемирной истории, немецкому и французскому языкам.
Отец его Василий Федорович Малиновский происходил из семьи духовного звания, мать Софья Андреевна Самбровская из семьи священников. В 1811 году Василий Федорович Малиновский был назначен директором Царскосельского лицея.
Иван Малиновский рано осиротел; в 1812 году умерла мать, а в 1814 скончался отец.
В семье было шесть детей. После смерти родителей их воспитывала тетка по матери, Анна Андреевна Самборская, жившая в доме Малиновского.
После выпуска из Лицея, Иван Васильевич получил назначение в армию прапорщиком, в лейб-гвардии Финляндский полк. В 1825 году вышел в отставку в звании полковника. Покинул столицы и переехал в имение в Изюмском уезде Харьковской губернии. Занимался хозяйством и принимал активное участие в местной общественной жизни - многие годы был предводителем дворянства своего уезда. В 1830 г. директор лицея Энгельгардт писал Матюшкину:
«Малиновский – дворянский предводитель в Изюмском уезде и, как слышно, очень много там делает добра, душа радуется, как он там при рекрутчине стоял за бедных и грызся с богатыми и с чиновниками, которые за них стояли».
В следующем году Модест Корф писал о нем:
«…наш милый энтузиаст Ванюша все тот же, думает более о других, чем о себе, и стремится везде к лучшему».
Лицей, видимо, Малиновского от себя так и не отпустил, даже в женитьбах Иван Васильвеич был привязан к альма-матер. В 1834 году Иван Малиновский женился на сестре своего лицейского товарища И.И. Пущина, Марии Ивановне. В этом браке родили двоих дочерей. После смерти жены в 1844 году повторно женился на племяннице своего лицейского товарища Владимира Вольховского, Екатерине Федосеевне Зинкевич. В этом браке родились две дочери и сын. При этом самая младшая из сестер Малиновского сама была замужем за Вольховским.
Скончался 10 февраля 1873 года от воспаления легких. Был похоронен на кладбище в Каменке.