Предположим, ваша компания хочет доплачивать сотрудникам до среднего заработка (либо до оклада) за дни нахождения на больничном, в служебной командировке, в декретном отпуске. Она вправе это делать, но чтобы такие доплаты можно было учесть в расходах при ОСН и УСН, нужно их предусмотреть ст. 135 ТК РФ; п. 25 ст. 255, подп. 6 п. 1, п. 2 ст. 346.16 НК РФ; Письма Минфина от 26.11.2015 № 03-03-06/1/68801, от 28.04.2014 № 03-03-06/1/19699, от 10.04.2014 № 03-03-РЗ/16325:
•или в коллективном договоре либо в локальном нормативном акте компании, ссылка на который должна быть в трудовых договорах с работниками;
•или непосредственно в трудовых договорах либо в допсоглашениях к ним.
То есть в этих документах должно быть прописано, в каких случаях и кому работодатель доплачивает до оклада.
Если такие доплаты вводятся для всех или для большинства сотрудников (за неким исключением, к примеру не полагаются доплаты тем, кто трудится в компании меньше года), то логичнее предусмотреть их в локальном акте, например в положении об оплате труда. И под роспись ознакомить с этим актом сотрудников, которых он касается.
Если же доплаты полагаются лишь отдельным работникам, тогда проще заключить с каждым из них допсоглашение к трудовому договору.
Любая доплата до среднего заработка (оклада) облагается НДФЛ и страховыми взносами ст. 209, п. 1 ст. 210, подп. 1 п. 1 ст. 420 НК РФ. При этом доплата за период болезни не учитывается впоследствии при расчете отпускных Письмо Минтруда от 03.08.2016 № 14-1/ООГ-7105.