Древнейшее население Японии было представлено носителями азиатского палеолита, рано обособившееся от остальных групп. В 1 тысячелетии до н.э. на острова стали прибывать мигранты из Азии, как с юга, так и с севера. Одним из народов, возникших в следствии этого, могли быть айны. Их генофонд (по мужской линии) преимущественно унаследован от древнейших японцев эпохи Дзёмон, но в отношении языка и культуры эта связь не очевидна.