Трудовую деятельность начал в 2003 году главным специалистом Департамента экономики Южно-Казахстанской области (ныне Туркестанской области).КП - Казахстан
В 2006-2009 годах работал главным экспертом представительства правительства в Парламенте РК, начальником отдела МЭБП РК, помощником министра труда и социальной защиты населения РК.КП - Казахстан
В 2009-2014 годы - заместитель руководителя аппарата акима ВКО, заместитель акима Семея, руководитель аппарата акима ВКО.КП - Казахстан
С февраля 2020 года Ержан Жилкибаев занимал должность замакима Жамбылской области, а в марте 2021 года был назначен акимом Тараза.КП - Казахстан