В 1993 году был назначен заместителем министра здравоохранения, в 1993–1996 годы был заместителем министра здравоохранения и медицинской промышленности РФ.Medvestnik.ru
Агапов был одним из ведущих специалистов по военно-полевой хирургии, специализировался на оперативных вмешательствах на органах брюшной полости, включая лапароскопические операции, в том числе в области гинекологии и неотложной хирургии.Medvestnik.ru
В 1999 году возглавил Клиническую больницу № 119 ФМБА в подмосковных Химках, которая сейчас имеет статус Федерального клинического центра высоких медицинских технологий.Medvestnik.ru
Василий Агапов был не только блестящим специалистом, но и выдающимся ученым, посвятившим себя исследованию различных аспектов хирургии.Medvestnik.ru