С марта 2015 проходил подготовку к первому полёту в составе основного экипажа МКС-47/48.ГТРК Ярославия
Свой первый полёт в космос Алексей совершил в 2016 в качестве командира корабля «СоюзТМА20М» и бортинженера МКС-47/48.ГТРК Ярославия
Во второй космический полёт отправился в 2018 году вместе с Ником Хейгом, но экспедицию на МКС перенесли на 2019 год из-за аварии носителя.ГТРК Ярославия
Во этом полёте Алексей Овчинин совершил выход в открытый космос продолжительностью 6 часов 1 минуту.ГТРК Ярославия