Ученые из США и Китая, статья которых опубликована в Cell, применили кардинально новый подход к изучению микробиома и смогли описать ключевые составляющие бактериальных сообществ, ассоциированные со здоровьем.PCR.news
Вместо видовой идентификации авторы использовали в качестве «элементарной единицы» бактериального сообщества собранные de novo на основе метагенома геномы высокого качества (de novo assembled high-quality metagenome-assembled genomes; HQMAG).PCR.news
Порог для разделения двух HQMAG составляет 1% — значение средней нуклеотидной идентичности нуклеотидов не более 99% — вместо 5–6%, используемых для разделения видов, что позволяет выявить более тонкую, внутривидовую структуру микробиома.PCR.news
Авторы продемонстрировали различия в генетических профилях двух гильдий, включая число копий генов, связанных с метаболизмом и устойчивостью к антибиотикам, которые могут объяснять влияние данных гильдий на здоровье человека.PCR.news