В начале 1990-х годов в Таллине также появилась «Эстонская апостольская православная церковь», относящаяся к Константинопольскому патриархату и являющаяся правопреемницей структуры, «эвакуировавшейся» из Прибалтики вместе с гитлеровскими войсками.RuBaltic.Ru
Московский патриархат не признавал церковной структуры Константинопольского патриархата в Эстонии в каноническом достоинстве автономной православной церкви, но не оспаривал действенность совершенных в «ЭАПЦ» таинств.RuBaltic.Ru
Официальный Таллин еще в 1990-е годы оказывал политическое давление на ЭПЦ МП, отказывая ей в государственной регистрации, но к более решительным репрессивным мерам перейти не решился.RuBaltic.Ru
В начале 2024 года Департамент полиции и пограничной охраны Эстонии отказался продлить временный вид на жительство предстоятелю ЭПЦ архиепископу Евгению.RuBaltic.Ru