Существует две версии происходящего. Одна русская, другая шведская.
По одной из версий, после ареста патриарха Иова, произведенного по приказу Лжедмитрия Первого, во двор Годуновых ворвались сторонники Самозванца. Руководили всем действом князья Голицын и Мосальский. С ними были перешедшие на сторону Лжедмитрия дьяки Молчанов и Шерефединов, а также трое стрельцов в помощь. Федора Борисовича и Марию Скуратову-Бельскую отравили.
По другой версии, которую изложил находившийся в то время в Москве посол Швеции и историк по совместительству Петр Петрей, все было несколько иначе. Убивал Годуновых подьячий Иван Богданов, которого прислали для этой цели специально. Ему Лжедмитрий поручил и охрану Ксении до своего приезда в Москву.
С Марией, видимо, справились быстро, а вот с Федором пришлось повозиться. Собственно, у пособников Самозванца были для этого достаточные людские резервы. Вот что об этом писал Петр Петрей в своем труде "История о Великом княжестве Московском":
"следы от веревки, которой...были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей".
После этого тела убитых вместе с вынесенным из гробницы телом Бориса Годунова, все по тому же приказанию Лжедмитрия похоронили не только без почестей, но даже без отпевания (так поступают с самоубийцами). Да еще в женском Варсонофьевском монастыре.