Шишкин Валерий Михайлович родился в посёлке завода «Красное Пламя» Александровского района Владимирской области в семье рабочего.
В Военно-Морском Флоте с 1957 года. В октябре 1961 года окончил с отличием Высшее военно-морское училище подводного плавания имени Ленинского комсомола.
Службу проходил на Краснознамённом Балтийском флоте: с ноября 1961 по август 1962 года - командир рулевой группы подводной лодки «С-280», с августа 1962 по февраль 1964 года - командир штурманской боевой части (БЧ-1) подводной лодки «С-95».
С февраля 1964 по апрель 1965 года В.М. Шишкин был откомандирован на суда Министерства морского флота СССР для совершенствования практических навыков по кораблевождению.
С апреля 1965 по октябрь 1967 года - командир БЧ-1 подводной лодки «С143», а с октября 1967 по август 1968 года - старший помощник командира подводной лодки «С-174» дважды Краснознамённого Балтийского флота.
С августа 1968 года капитан 2-го ранга Валерий Шишкин проходил службу испытателем специальной воинской части Министерства обороны СССР, занимающейся глубоководными исследованиями и освоением специальной подводной техники (с 1976 года - 19-й Центр Министерства обороны СССР). В этом качестве принимал участие в важных испытаниях новейшей военной техники.
Летом 1972 года был прикомандирован к экипажу подводной лодки «Б-69» 25-й бригады подводных лодок 4-й учебной дивизии кораблей Ленинградской военно-морской базы, специально переоборудованной под буксировку новейшего глубоководного комплекса «Селигер». Осенью 1972 года лодка совершила боевой поход в Северную Атлантику, в ходе которого экипаж гидронавтов, в составе которого был В.М. Шишкин, произвёл океанические испытания глубоководного аппарата. В целом ходовые сдаточные испытания комплекса прошли успешно: экипаж гидронавтов «Селигер»а достиг глубины в 2000 метров.
За создание, испытание и освоение новой военной техники и проявленные при этом мужество и отвагу Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 марта 1973 года командиру корабля, испытателю капитану 2-го ранга Шишкину Валерию Михайловичу присвоено звание «Героя Советского Союза» с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» за номером 10735.
В дальнейшем проходил службу в том же Центре, участвовал во многих испытаниях специальной техники. С января 1992 года капитан 1-го ранга Шишкин В.М. - в запасе.
Жил в Москве. Скончался 30 января 2009 года. Похоронен в Москве на Троекуровском кладбище.