Фонды музея — научно организованная совокупность принадлежащих музею музейных предметов и научно-вспомогательных материалов. Ф.м. являются основой для реализации ведущих направлений музейной деятельности, а также источниковой базой для профильных музею наук. Ф.м. складываются исторически в ходе реализации музеем одной из основных своих функций документирования процессов и явлений, происходящих в обществе. Комплектование Ф.м. осуществляется в соответствии с концепцией конкретного музея, а также в результате несистематических поступлений (дары, перераспределения Музейного фонда РФ и др...

Научная библиотека (Отдел книжного фонда) была основана одновременно с музеем в 1902 г. В её организации принимали участие видные учёные-этнографы: Д.А. Клеменц, Н.М. Могилянский, Е.А. Ляцкий и др. Отдел книжного фонда РЭМ является крупнейшим музейным книжным собранием по этнографии народов России и стран, ранее входивших в состав Российской империи и Советского Союза. Его дополняют издания по смежным с этнографией дисциплинам: истории, археологии, антропологии, географии, фольклористике, искусствознанию, религиоведению, музееведению, языкознанию...