Монастырь был открыт во время второй волны расцвета монашества в Российской империи. После реформ середины XVIII века, когда во многих, даже очень богатых монастырях, жизнь едва теплилась, к середине XIX века наблюдается расцвет и укрепление многих обителей. Связано это было и с реформой 1861 года, когда крестьян в монахах стало очень много, и монастыри получили специалистов по сельскому хозяйству, крестьян, что не могло не сказаться на их благополучии. Монастырь был основан в 1860 году, но история обители началась несколько раньше...

Улица Ильинка, на которой стоит церковь Илии Пророка, находится в Китай-городе – историческом центре столицы. Свое название улица получила от Ильинского монастыря, стоявшего здесь до Смутного времени. Частью этого монастырь был и храм Илии Пророка. Храм был построен в начале XVI столетия, а обитель – еще раньше. Предположительно, автором проекта храма был итальянский зодчий Алевиз Фрязин (Новый), приглашенный Великим князем Московским и Владимирским Василием III для строительства 11 каменных храмов на Москве...