Первые и основные помещения монастыря были пещерные. Их высекли в западном обрыве Монастырской скалы, под плато на котором сохранились руины средневековой крепости Каламита, основанной в VI веке Византийцами. В XIV—XV веках крепость вошла в состав православного княжества Феодоро, защищала его порт, который в то время располагался у её подножия в камышовых заводях реки Чёрной Крепость и монастырь в 1475 году были захвачены турками-османами. Возникновение монастыря предание связывает с почитанием Климента, римского епископа (папы) в 92—99 (101) годах...

Свято-Климентовский монастырь, расположенный в живописных скалах Инкермана, является уникальным памятником христианской истории, культуры и духовности. Это место неразрывно связано с именем святого Климента, третьего епископа Рима, и имеет важное значение для христианского мира, а также для истории славянской письменности. Его многовековая история — это удивительное переплетение легенд, подвигов веры и культурного наследия. Святой Климент, ученик апостола Петра, жил в I веке н.э. и был одним из первых последователей Христа...