Футбольный клуб «Зенит-2» был образован в 1993 году. С 1993 до 2000 года выступал в первенстве России дублирующий состав «Зенита». После создания турнира дублёров РФПЛ был образован фарм-клуб, дебютировавший во втором дивизионе в 2001 году под названием «Локомотив»...

"Зенит-2" стал последним клубом, получившим при старой версии регламента право на участие в ФНЛ, не став победителем своей зоны ПФЛ. Это произошло летом 2015-го года, когда питерская команда кабинетным решением заменила в подэлитном дивизионе добровольное опустившееся во вторую лигу московское "Торпедо". Данное решение исполкома РФС вызвало тогда неоднозначную реакцию, однако сине-бело-голубые доказали своё соответствие новому уровню тем фактом, что сохранили прописку в ФНЛ, набрав 50 очков. Однако...