Вторая лига в этом году вернулась к календарной формуле «весна — осень». 16 команд провели классическое двухкруговое соревнование, но теперь этот турнир находится в противофазе со всеми остальными, что проводятся в российских дивизионах. Это, конечно, добавляет организационных проблем. На что обратил внимание, подводя итоги не слишком убедительного для своей команды сезона, и главный тренер «Зенита»-2 Андрей Почепцов: «Мы попали в не самую хорошую ситуацию в концовке первого круга, когда у ряда футболистов закончились контракты...
В 1993 году команды Второй лиги играли в семи зональных турнирах. Никто не поднимался в Первую лигу(!). Такого не было до этого и не будет после. По четыре лучшие команды каждой из 1-5 зон, 3 команды из шестой и все из седьмой оставались во Второй Лиге, которая будет сильно уменьшена в 1994 году. Большинство переходило в создаваемую Третью лигу. На Дальнем Востоке не создавалась еще одна зона Третьей лиги в будущем, поэтому из седьмой зоны никто не вылетал, но были такие, кто в 1993 году закончил, хотя последнее качается всех зон...