И в 1988 году во Второй лиге кардинально менять ничего не стали по сравнению с предыдущим чемпионатом. Некоторые команды были переведены в другие зоны, чуть изменилась их география. 1 зона Первые матчи в первой зоне прошли 26 апреля. Карабах, для многих неожиданно оказавшийся в первой зоне, стартовал с двух домашних побед, что сюрпризом точно не стало. Уже два следующих поединка команда проиграла на выезде. Победив 9 мая в четвертом туре на своем поле калининскую Волгу со счетом 6:0, на первую строчку взошел воронежский Факел...

7 зона В седьмой зоне команды начали чемпионат 5 апреля. После двух туров с четырьмя очками на первом месте оказался Вахш из Курган-Тюбе. В третьем туре Вахш сыграл вничью, и его догнали сразу четыре команды. После четвертого тура на первую строчку таблицы смог забраться Ешлик, потерявший только очко. Но уже в следующем туре лидер не играл, обойти его удалось Автомобилисту из Коканда. Только в начале мая кокандская команда потерпела первое поражение и ее сразу же настигли Копетдаг и Нефтяник из Ферганы...