Бавария Мюнхен (2013-2016) Отдохнув от управления, Гвардиола объявил, что начнет управлять "Баварией Мюнхен" в январе 2013 года. После того, как он начал тренировать "Баварию Мюнхен" в сезоне 2012/13, Гвардиола проиграла свой первый официальный матч в качестве тренера - Суперкубок Германии. Он стал обладателем Суперкубка УЕФА 2013 года. В декабре 2013 года он выиграл Кубок мира среди клубов ФИФА. Он также привел мюнхенскую "Баварию" на 23-е место в Бундеслиге и завершил сезон победой в ДФБ-Покале...

В 2013 году под руководство Юппа Хайнкеса Бавария берет 3 главных трофея за сезон. Это очень поднимает команду по европейским рейтингам, игроки становятся очень востребованы на трансферных рынках. После прихода Хосепа Гвардиолы состав начал меняться. Из Барселоны купили Тьяго и вскоре в клуб перешли Марио Гётце и Ян Кирхгофф. При Гвардиоле все начинается хорошо ,Бавария в декабре 2013 года выигрывает клубный чемпионат мира и становиться постоянным чемпионом бундеслиги . В 2016 году на смену пришел Карло Анчелотти при котором у команды пошел спад...