Клуб основан в 1947 году Изначально клуб назывался Динамо, Спартак и только в 1962 году команда стала называться Жальгирис. Жальгирис в высшей лиге Союзного первенства по футболу провёл 9 сезонов. Нивысшее достижение Вильнюсцев в первенстве СССР - 3 место в сезоне 1987 года. Лучшими игроками за Союзную...

Главный тренер «Барселоны» Шарунас Ясикявичюс высоко оценил свой бывший клуб «Жальгирис», отметив его стойкость и способность преодолевать трудности. «Жальгирис» — команда с самым сильным характером в Евролиге. Никто в начале сезона не ожидал, что они выйдут в плей-офф. Они показывали отличный баскетбол в первой половине сезона. Затем они столкнулись с серьезными трудностями из-за травмы Кинана Эванса, и многие списали их со счетов. Но они умеют перестроиться, используя свой характер, непоколебимую поддержку болельщиков и способность переворачивать ситуацию...