Сезон 2011/2012 начался для «Балтики» неудачно, с первых туров клуб опустился в зону вылета и находился там почти всю первую половину первенства. В середине июля главным тренером был назначен Евгений Перевертайло. Судьба команды решалась в последнем туре в домашней встрече с прямым конкурентом в борьбе за выживание — оренбургским «Газовиком», в котором калининградцы победили со счётом 2:1, тем самым отправив «Газовик» во второй дивизион. Следующий сезон оказался самым успешным для команды за последние 14 лет...