​​Футбольный клуб «Сахалин» был создан в мае 2004 года для активизации и повышения мастерства футболистов, развития детского и юношеского футбола на Сахалине. Сначала ФК «Сахалин» выступал в Первенстве России среди ЛФК в зоне «Восток» среди любительских команд. В 2007 году ФК «Сахалин» был принят в Ассоциацию ПФЛ и начал выступать как профессиональный футбольный клуб. В 2014 году команда заняла 1 место в зоне «Восток» и получила право на участие в соревнованиях рангом выше. В конце 2015 года из-за проблем с финансированием клуб вошёл в состав ПСК «Сахалин». Таким образом, в Сахалинской области под одним брендом оказались объединены сразу четыре вида спорта: футбол, волейбол, хоккей и баскетбол. Сезон в ФНЛ был неудачным, команда заняла 16-е место и снова оказалась во второй лиге. От участия в сезоне 2016/17 команда собиралась отказываться из-за проблем с финансированием, но в итоге продолжила выступать в зоне «Восток». В сезоне 2017/18 «Сахалин» занял 1-е место, но не вышел в ФНЛ, так как не подавал заявку на лицензирование.. Домашние игры сезона 2018/19 ПФЛ клуб проводил на стадионе «Темп» в Томске. Одержав победу в матче 24 тура с «Сибирью-2», «Сахалин» стал победителем группы «Восток», но не вышел в ФНЛ, так как и в этот раз не подавал заявку на лицензию. 21 июня Палата по разрешению споров РФС лишила «Сахалин» 3-х очков, тем самым «Сахалин» опустился на 2-е место, а победителем стал «Иртыш» (Омск). С сезона 2019/20 домашние матчи команда проводила на стадионе «Спартак» в Южно-Сахалинске. В сезоне 2023 главным тренером назначен известный российский футболист Юрий Алексеевич Дроздов. С его приходом клуб покинули 14 футболистов, а взамен пришли 10 игроков, большая часть которых из бывшей команды Дроздова – ФК «Сахалинец». На сегодня команда соперников занимает 11 место с 6 очками (2 победы, 2 поражения), разница голов 3-3. Лучшим бомбардиром с двумя голами является Даниил Большунов. За ФК «Сахалин» в весенней части сезона 2021-22 выступал наш Алексей Сергулёв. Команды встречались шесть раз: 8.11.20 Квант - Сахалин 0-0 10.06.21 Сахалин - Квант 0-2 голы забили Армен Авагян и Анатолий Сёмкин 23.04.22 Квант – Сахалин 3-2 голы забили Анатолий Демидов, Виталий Мельников и Алексей Феколкин. 28.05.22 Сахалин - Квант 2-1 гол забил Лев Иванушкин 06.08.22 Квант – Сахалин 2-0 голы забили Лев Иванушкин и Дмитрий Яковлев. 02.10.22 Сахалин - Квант 1-0