Сезон 2011/2012 начался для «Балтики» неудачно, с первых туров клуб опустился в зону вылета и находился там почти всю первую половину первенства. В середине июля главным тренером был назначен Евгений Перевертайло. Судьба команды решалась в последнем туре в домашней встрече с прямым конкурентом в борьбе за выживание — оренбургским «Газовиком», в котором калининградцы победили со счётом 2:1, тем самым отправив «Газовик» во второй дивизион. Следующий сезон оказался самым успешным для команды за последние 14 лет...
Несмотря на длинную успешную серию в первенстве ФНЛ, все победы даются балтийцам с большим трудом. Об этом рассказал главный тренер калининградской команды Андрей Талалаев после игры с «Родиной». «Пока мы никого, к сожалению, вчистую в ФНЛ не переигрываем. Поэтому победы даются ценой жертв и травм наших игроков. Сегодня двое получили повреждения — Варатынов и Стефанович. В первом тайме мы играли в тот футбол, который хотим видеть в исполнении команды, а второй я бы посоветовал всем футболистам забыть», — сказал Талалаев...