С Оксаной, которая впоследствии стала женой, Федор познакомился ещё на спортивных сборах, будучи школьником. Девушка ждала его из армии. Свадьба состоялась в 1999 году. У них родилась дочь Маша. Фёдор развелся в 2006-ом году. В конце 2007-го года у спортсмена и его давней подруги Марины родилась дочь. Девочку назвали Василисой. Осенью 2009-го года Емельяненко второй раз женился, а через год Марина родила вторую девочку — Елизавету...

По слухам, всему виной неверность первой супруги «Последнего Императора». Фёдора и Александра Емельяненко никогда нельзя было назвать дружными братьями. Их конфликт достиг апогея месяц назад, когда «Последний Император» публично отрёкся от брата в интервью для Sport24. «Для меня на сегодняшний день Александр мертв … Он неоднократно говорил, что хотел бы со мной помириться? Я вас умоляю. Пусть сначала извинится перед теми, кого он изнасиловал», - сказал Фёдор. По слухам, в этой фразе и кроется основная причина конфликта бойцов – Александр совратил жену Фёдора, Оксану...