Во Второй лиге в 1996 году снова команды соревновались в трех зонах. В Восточной боролись за одну путевку в Первую лигу и не вылетали в Третью лигу. В Западной и Центральной команды, как и годом ранее, шла борьба за две путевки в каждой в Первую лигу. Вылет в Третью в Западной и Центральной зонах изначально грозил 3 худшим, но по ходу чемпионата все могло измениться, такое было время. Находились команды, которые, как и ранее, отправлялись в Третью лигу ввиду экономических трудностей, проще говоря, по собственной инициативе...

В 1995 году команды Второй лиги были соревновались в трех зонах. Сибирская с Восточной были объединены в одну Восточную, в ней команды соревновались за одну путевку в Первую лигу и не вылетали в Третью лигу. В Западной и Центральной команды, как и годом ранее, боролись за две путевки в каждой в Первую лигу. С вылетом в Третью было чуть сложнее, Западную зону должны были покинуть 5 худших, а Центральную - только три. Но по итогам сезона некоторые команды отправились в Третью лигу ввиду экономических трудностей, а не спортивных результатов...