Вводные слова выделяются запятыми – это мы помним. Осталось только научиться распознавать эти вводные слова, которые на самом деле часто оказываются наречиями. Вот и выражение «вместе с тем» очень успешно прикидывается вводным, вводя в заблуждение многих даже грамотных людей. Хотя на самом деле это именно наречие, которое не требует постановки знаков препинания. Например: Погода была прекрасная, вместе с тем солнышко светило неярко и жары не было. Эта аппаратура вместе с тем была чрезвычайно портативной...

Перед союзами Если в предложении встречаются союзы А, НО , ЗАТО и ДА (в значении НО) ,перед ними всегда ставим запятую . Пример; Ватсон, конечно,простак ,зато полезный .