Постичь логически пунктуацию русского языка можно, если вы продолжатель гения Розенталя или Ожегова. Во всех других случаях придется включать память, потому что порой проще запомнить, чем вдаваться, почему так. Тем не менее Тут все просто: запятая не ставится. Никогда. Вообще. Исключений нет. И дополнительной интонации нет. Знака, соответственно, тоже нет. Ура, товарищи! Мы только проснулись, но тем не менее были бодры и веселы. Я прыгал, падал, вставал, спотыкался, снова падал, тем не менее все кончилось хорошо...
Пунктуация в сложноподчинённых предложениях с составными союзами – одна из сложнейших тем пунктуации. Предлагаю вам практикум из 40 предложений для тренировки. Теория Подчинительные сложные (составные) союзы: благодаря тому что, ввиду того что, вместо того чтобы, в силу того что, вследствие того что, в случае если, в то время как, из-за того что, исходя из того что, между тем как, несмотря на то что, оттого что, перед тем как, подобно тому как, по мере того как, потому что, прежде чем, ради того...