Действие происходит до событий оригинальной игры "Сталкер: Тень Чернобыля". Почти все локации те же самые, но теперь на них разворачиваются военные действия между группировками, добывать артефакты сложнее, а сражаться с монстрами и врагами — сложнее. Опытный сталкер-наёмник Шрам вел группу из трёх учёных через болота. Вначале на пути им попалась стая различных мутантов, спасающаяся бегством. А затем они увидели и причину этого бегства — необычайно мощный выброс. Все люди из экспедиции неминуемо погибли, но Шраму каким-то чудом удалось выжить...

Привет! В Сталкере ЧН есть возможность примыкать к группировкам, и естественно, от того, к какой группировке примкнет Шрам, будет зависеть и его дальнейшая судьба до самого Лиманска. Бандиты, к слову, самая выгодная, но и самая сложная группировка из всех. Стоп... Выгодная? Агась, именно так! У бандитов сидит, пожалуй, лучший техник в Зоне - он умеет полностью модифицировать комбинезон "Сева", прокачивать ГП-37, да и в целом - специалист широкого профиля. Зовут его Прозрачный, и только ради него можно рассмотреть нейтралитет с бандитами...